De eldste delene av Vår Frue kirke i Trondheim utgjør den tredje største bevarte middelalderkirken i Norge. Vår Frue kirke er en middelalderkirke i stein. Koret og østre halvdel av skipet utgjør middelalderens Mariakirke. Foruten Nidarosdomen og Lade kirke er dette den eneste kirken fra middelalderens Trondheim som har overlevd fram til våre dager. Fra 1400-tallet av har kirken blitt omtalt som Vår Frue kirke. Kirken ligger i sentrum, mellom det middelalderske gateløpet Vår Frue Strete og den nyere Kongens gate, midt i hjertet av byen. Kirken er blitt herjet av brann flere ganger, men har hver gang blitt gjenoppbygget. Vår Frue kirke var en av byens ni katolske sognekirker i middelalderen, og er nevnt som dette første gang i 1280. Vi vet ellers lite om i kirken i middelalderen, utover at den mottok rike gaver i form av jordegods. I Aslak Bolts jordebok fra 1431/32 er den oppført som eier av gårdene Nardo, Tempervollen i Bymarka og Skårvoll på Støren. Vår Frue kirke var sognekirke for godt over halvparten av befolkningen i Trondheim
Kirken strøk med i den store bybrannen i 1531, sammen med Nidarosdomen og resten av byen. Vår Frue kirke ble fullstendig gjenoppbygd, mens bare østre del av Nidarosdomen ble gjenreist etter denne brannen.
Ved reformasjonen ble alle sognekirkene i Trondheim nedlagt, unntatt Vår Frue kirke og Korskirken, som lå like ved. I 1578 bestemte kongen at den mest forfalne av disse to skulle rives og brukes til reparasjon av Nidarosdomen, og dette ble Korskirkens endelikt. Vår Frue kirke er således den eneste sognekirken som har overlevd fra middelalderens Trondheim.
Da Korskirken ble revet, ble Nidarosdomen redusert til sognekirke. Sogneinndelingen ble noe kunstig, idet bysentrum lå nord for både Vår Frue kirke og Nidarosdomen. Vår Frue kirke ble dermed liggende inne i sognet til Nidarosdomen, og nordsiden av Vår Frue kirke ble nå hovedsiden av kirken. Knivingen om ressurser med Nidarosdomen har siden preget Vår F