Wagnerorgelet er et barokkorgel, plassert i nordre tverrskip. Det ble bygd av orgelbygger Joachim Wagner og stod ferdig i 1741.
Wagner ble regnet som en av tysk barokks store orgelbyggere. Foruten dette instrumentet, er det få av hans orgler som er i behold. Alle de øvrige er i området rundt Berlin.
I 1994 ble orgelet sendt til Tyskland for restaurering og rekonstruksjon. Instrumentet ble tilbakeført til sin originale stemmeprakt. Wagnerorgelet er internasjonalt kjent. Det er så sjeldent at et barokkorgel er i så god stand, at det regnes som en nasjonalskatt. Kilde: Nidarosdomen.no