Byneset kirke, St. Mikhaelskirken, ble bygd ferdig under erkebiskop Eystein (1161-1188). Det er en steinkirke i rundbuestil, en a de eldste i landet. Den kan ha blitt innviet før 1188, da Eystein måtte gå i landflyktighet til England, etter Magnus Erlingssons nederlag i Nidaros det året. Kirken står, underlig nok , nede i en bakkeskråning ved en av Stenegårdene. En meget bedre tomt litt lengre oppe ville være mere høvelig. Forklaringen kan neppe være at den skulle være hovedkirke for et vidstrakt prestegjeld ved fjorden. Det ligger nærmere å anta at det her har vært et kultsenter for en sterk hedensk guddom, og at det så ved kristningen ble omdannet til et «Kvite-Krist» senter med en liten høgendeskirke av tre for bonden på Stene, og deretter solid steinkirke bygget av bøndene i prestegjeldet. Med stor begeistring bygget folk ut i Europa sine gudshus på 1100- tallet. Navnet på kirken: ST. Michaelskirken, kan ha gitt seg helt naturlig. «Det var især erkeengelen Michael, som synes å ha fått til oppdrag å avløse den gamle naturdyrkelse, hvorfor og flere grottekirker er viet ham.» (Harry Fett). Michaels dag (Mikkelsmesse 29. sept.) var en av de store dager i den gamle kirke. Den ble feiret som alle englers dag, og særlig skulle en minnes den seirende kirke. Byneskirkens innvielsesdag og dens årlige festdag må ha vært 29. sept., som også var erkeengelens helgendag.
Den første skriftelige nedslag en kjenner om St. Michaelskirken på Stein er fra 1252. Etter at kanniken Sørle det året var utvalgt til erkebiskop, forordnet han at kannikene ved Domkirken eller Domkapitlet i Nidaros skulle ha felles bordhold, og som inntekt for dette «Communet» ga han bl.a. bispetiende fra Byneskirken. Inntil ca. midten av 1600-tallet sto Byneskirken med sine sterke steinmurer uten inventar av noe slag. Nord og østveggen fikk nok sine kalkmalerier på 1500-tallet, men de ble snart overkalket og glemt. Men utsmykningsbølgen som nådde Trøndelag i 1640