Inskripsjonen på korets østvegg forteller at den hellige Maria eier kirken og at Bjørn Sigvardsson «gjorde» den. En gammelnorsk innskrift på korhjørnet forteller om kirkens tilblivelse:
«Hin helga Maria á mik – Biorn Siguarsson gerðe mik»
«Den hellige Maria eier meg – Bjørn Sigvardsson gjorde meg»
Trolig var Bjørn Sigvardsson en rik mann som finansierte arbeidet, selv om han ikke er kjent fra andre kilder. Han kan også ha vært kirkens byggmester. Slike innskrifter er meget uvanlige på norske middelalderbyggverk. De eldste delene av Vår Frue kirke i Trondheim utgjør den tredje største bevarte middelalderkirken i Norge. Vår Frue kirke er en middelalderkirke i stein. Koret og østre halvdel av skipet utgjør middelalderens Mariakirke. Foruten Nidarosdomen og Lade kirke er dette den eneste kirken fra middelalderens Trondheim som har overlevd fram til våre dager. Fra 1400-tallet av har kirken blitt omtalt som Vår Frue kirke. Kirken ligger i sentrum, mellom det middelalderske gateløpet Vår Frue Strete og den nyere Kongens gate, midt i hjertet av byen. Kirken er blitt herjet av brann flere ganger, men har hver gang blitt gjenoppbygget. Vår Frue kirke var en av byens ni katolske sognekirker i middelalderen, og er nevnt som dette første gang i 1280. Vi vet ellers lite om i kirken i middelalderen, utover at den mottok rike gaver i form av jordegods. I Aslak Bolts jordebok fra 1431/32 er den oppført som eier av gårdene Nardo, Tempervollen i Bymarka og Skårvoll på Støren. Vår Frue kirke var sognekirke for godt over halvparten av befolkningen i Trondheim
Kirken strøk med i den store bybrannen i 1531, sammen med Nidarosdomen og resten av byen. Vår Frue kirke ble fullstendig gjenoppbygd, mens bare østre del av Nidarosdomen ble gjenreist etter denne brannen.
Ved reformasjonen ble alle sognekirkene i Trondheim nedlagt, unntatt Vår Frue kirke og Korskirken, som lå like ved. I 1578 bestemte kongen at den mest forfalne av disse to skulle